Trainer: Claus Schromm (bis 31.12.2013), Manuel Baum (ab 01.01.2014 bis 15.03.2014), Christian Ziege (ab 16.03.2014)
Abschlusstabelle – 3. Liga:
| Pl. | Verein | Sp. | g. | u. | v. | Tore | Diff. | Pkte. |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1. | 1. FC Heidenheim | 38 | 23 | 10 | 5 | 59:25 | +34 | 79 |
| 2. | RB Leipzig | 38 | 24 | 7 | 7 | 65:34 | +31 | 79 |
| 3. | SV Darmstadt 98 | 38 | 21 | 9 | 8 | 58:29 | +29 | 72 |
| 4. | SV Wehen Wiesbaden | 38 | 15 | 11 | 12 | 43:44 | -1 | 56 |
| 5. | VfL Osnabrück | 38 | 15 | 10 | 13 | 50:39 | +11 | 55 |
| 6. | SC Preußen Münster | 38 | 13 | 14 | 11 | 55:50 | +5 | 53 |
| 7. | MSV Duisburg | 38 | 13 | 13 | 12 | 43:43 | 0 | 52 |
| 8. | SV Stuttgarter Kickers | 38 | 13 | 12 | 13 | 45:46 | -1 | 51 |
| 9. | Hallescher FC | 38 | 14 | 9 | 15 | 50:55 | -5 | 51 |
| 10. | FC Rot-Weiß Erfurt | 38 | 14 | 8 | 16 | 53:49 | +4 | 50 |
| 11. | SSV Jahn Regensburg | 38 | 12 | 13 | 13 | 51:51 | 0 | 49 |
| 12. | Chemnitzer FC | 38 | 12 | 13 | 13 | 43:46 | -3 | 49 |
| 13. | FC Hansa Rostock | 38 | 13 | 10 | 15 | 45:55 | -10 | 49 |
| 14. | Borussia Dortmund II | 38 | 12 | 10 | 16 | 47:55 | -8 | 46 |
| 15. | VfB Stuttgart II | 38 | 12 | 10 | 16 | 45:54 | -9 | 46 |
| 16. | Holstein Kiel | 38 | 10 | 15 | 13 | 42:38 | +4 | 45 |
| 17. | SpVgg Unterhaching | 38 | 11 | 10 | 17 | 50:56 | -15 | 43 |
| 18. | SV Elversberg 07 | 38 | 10 | 10 | 18 | 32:54 | -22 | 40 |
| 19. | SV Wacker Burghausen | 38 | 9 | 10 | 19 | 39:58 | -19 | 37 |
| 20. | 1. FC Saarbrücken | 38 | 8 | 8 | 22 | 38:63 | -25 | 32 |
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